Если в тырнетах не врут - cygwin как-то так и пытается делать, транслируя пути и имена из линуховой транскрипции в виндовую. Но что-то там не складывается до конца у них. В принципе у виндов есть ключик для NTFS, чтобы она регистр различала.
Не надо делать мне как лучше, оставьте мне как хорошо