С любым форматом, поддерживающим 32-битные адреса, проблем нет совсем. Из них S-Record - пожалуй самый простой и распространенный.
В любом случае для прошивки мы используем свой внутренний формат, в котором собственно код - отдельно, хоть нех-ом, хоть моторолой,
вся дополнительная информация - отдельно.