Суть в том, что при реверсе или резком сбросе скорости, двигатели работают в режиме генератора, а высвобождающаяся энергия возвращается в аккумуляторы. И защита ваша срабатывает или по перенапряжению (более вероятно) или по току заряда (менее вероятно). Ставить диод нежелательно - при торможении, мосты двигателей сработают в режиме повышающего преобразователя. И дело может закончится пробоем чего-нибудь на плате контроллера.
Добавьте параллельно аккумуляторам тормозной резистор с ключом, который будет открываться при повышении напряжения до верхнего допустимого для аккумуляторов. Как вариант, просто добавьте банок в параллель, чтобы у двигателей не хватало тока, чтобы вызвать существенное повышение напряжения на аккумуляторах. Ну или поставьте защиту по-мощнее, если дело в ограничении тока заряда.
P.S. Вот картинка, как я тестировал инвертор на пониженном напряжении. Видно, что торможение двигателя запросто повышает напряжение на шине почти в два раза. И это я щадяще делал, переживая за лабораторные БП. Мне придётся тормозной ключ добавлять. Благо на контактной колодке оставил запасные зажимы - под тормозной резистор пойдут.