Вон тут проинтегрировали: Энергия теряемая на сопротивлении при зарядке конденсатора от источника постоянного напряжения:
От резистора вообще не зависит. По-моему здесь забыли поделить пополам? И пишут заряжайте мол от источника тока:
где J -- ток (константный).
То есть эффективно заряжать конденсатор можно от источника тока, но для эффективной зарядки нужно теперь действительно снижать ток. Потери -- прямо пропорциональных току (и, следовательно, обратно пропорциональны времени заряда).
И по ссылке там дальше предлагается вариант с индуктивностью. Но МК должен вовремя ножку отключить. Так как ёмкость C сильно меняется от температуры -- стрёмный (можно подобрать на столе, а потом всё уплывёт).
Ссылки по теме:
http://www.olino.org/blog/us/articles/2006/11/22/charge-efficiency-capacitor
https://hackaday.io/project/28432-coin-cell-jump-starter/log/72237-how-to-charge-a-capacitor-efficiently