LightElf (17.07.2022 17:28, просмотров: 184) ответил Kceния на Там расположена всего лишь ... одна матрица размером 100000х100000
элементов, заполненная данными из GenBank'а. Именно для ее
аллокации и нужна столь большая память. Число 100000 равно числу
белков, выбранных их этого банка. Из этой матрицы надо вычислить 3
ее старших собственных вектора. Только и всего. :)Не надо делать мне как лучше, оставьте мне как хорошо
-
- Матрица и так храниться в "упакованном виде" (packed format), чтобы
не расходовать память на хранение ее симметричной (относительно
главной диагонали) половины. Экономия памяти при этом очень
значительная, но скорость операций с такой матрицей заметно ниже. - Kceния(18.07.2022 13:00)
- Я имею в виду, что возможно в вашем случае есть смысл рассмотреть
разные варианты раскладывания матрицы в памяти, чтобы повысить
кэш-локальность. Типа memory tiling в графике. LightElf(1 знак., 18.07.2022 15:23, ссылка)
- Я вынуждена пользоваться "заводским" софтом (Intel Math Kernel Library), т.к. мне самой такую процедуру не написать. А потому должна держать матрицу в рекомендуемом там формате. К тому же матрица и так уже максимально плотная - число ячеек равно числу пар белков N2/2, а потому, как ее не тасуй, меньше ячеек у нее не станет. - Kceния(19.07.2022 17:58)
- Я имею в виду, что возможно в вашем случае есть смысл рассмотреть
разные варианты раскладывания матрицы в памяти, чтобы повысить
кэш-локальность. Типа memory tiling в графике. LightElf(1 знак., 18.07.2022 15:23, ссылка)
- Матрица и так храниться в "упакованном виде" (packed format), чтобы
не расходовать память на хранение ее симметричной (относительно
главной диагонали) половины. Экономия памяти при этом очень
значительная, но скорость операций с такой матрицей заметно ниже. - Kceния(18.07.2022 13:00)