Если поставить диоды Шоттки, через них будет утечка, батарейка
меньше проживёт. Во время переключения реле, проверяй наличие питания. Если проседает - переводи оба полумоста низкий уровень. Если повезёт, то до сброса контроллера по питанию, катушка реле уже разрядится.
Но вообще, это разговор и выеденного яйца не стоит. Возьми катушку реле и ардуинку. И попробуй сжечь порт. Может, вообще никак не получится.