Не "таймера только два", а типов таймеров - два. может ли один и тот же таймер (например, T0) обслужить счет по всем трем моим импульсным линиям
Нет, один таймер - одна линия (я о простом счёте, без всяких там квадратурных режимов).
У вас таймера есть такие TCC0, TCD0, TCE0, TCF0 - это тип 0. И такие же типа 1(TCC1 и тп). Посмотрите в соотв. хидере (ATxmega128A1.h):
#define TCC0 (*(TC0_t *) 0x800) ///< Timer/Counter C0
#define TCC1 (*(TC1_t *) 0x840) ///< Timer/Counter C1
#define TCD0 (*(TC0_t *) 0x900) ///< Timer/Counter D0
#define TCD1 (*(TC1_t *) 0x940) ///< Timer/Counter D1
#define TCE0 (*(TC0_t *) 0xA00) ///< Timer/Counter E0
#define TCE1 (*(TC1_t *) 0xA40) ///< Timer/Counter E1
#define TCF0 (*(TC0_t *) 0xB00) ///< Timer/Counter F0
#define TCF1 (*(TC1_t *) 0xB40) ///< Timer/Counter F1
онятно, что подключать я их буду к разным ногам и тем из них, которые сопряжены со входом в таймер.
С таймером непоследственно ноги не подключаются, подключаются события как источник тактирования. Ко входу события можно подключить любой вход МК.
Кстати, какие частоты на входах?