С частотами непонятно (чота не находится сейчас в даташите), но если вам меги хватало, то тут тактовая до 32 МГц. Т.е. не хотелось бы, чтобы счет по одной линии мешал счету на другой.
А как счёт на одной может мешать другому? Не помешают.
А чем этих два типа таймеров между собой отличаются
Отличия в основном в количестве каналов шима, в вашем случае всё равно:
There are two differences between timer/counter type 0 and type 1. Timer/counter 0 has four CC channels, and
timer/counter 1 has two CC channels. All information related to CC channels 3 and 4 is valid only for timer/counter 0.
Only Timer/Counter 0 has the split mode feature that split it into 2 8-bit Timer/Counters with four compare channels each.