Схемы, платы, компоненты

Ответы по пунктам. п. 4 нужно ещё подробнее. 

2. Откуда возьмутся паразитные колебания и почему я их не вижу на осциллограммах?

У Вас есть запись процесса в момент пробоя ключей? Если нет, что подтверждает - в этом момент не было ВЧ колебаний? Любая схема с ОС склонна к этому, если принудительно не давить и не ограничивать.

3. Про гарантированное питание - не понял. Бутстрепный драйвер работает.

Вопрос в качестве питания драйвера верхнего ключа. На какое время хватает верхнего конденсатора или, по другому, какие в % на нём пульсации напряжения? Про "пошагово"

4. перебрасываем на ногу пика компаратор (ремаппируем).

Делайте что хотите, только чтобы встроенный в МК компаратор + его программная обработка работали также надёжно, как аппаратная схема.

Выход диодной пары к этому времени уже высокий и компаратор поддерживает состояние открытого верхнего ключа, пока колебательный процесс не пересечет ноль по току. Затем компаратор опрокидывается и схема переходит на отрицательную ветку тока. и так до разряда электролита.

Есть блокировка - "уже переключали IGBT 0,1 мс назад поэтому НЕ трогать, только ждать"?