АСтудией пользовалась только для компиляции в hex, а заливала
всегда через avrdude, например: avrdude -Cavrdude.conf -patmega2560 -cstk500V2 -PCOM9 -b115200 -D -v -Uflash:w:project.hex:i
или
avrdude -Cavrdude.conf -patmega32u4 -cavr109 -PCOM7 -b57600 -D -Uflash:w:project.hex:i -lread.log
здесь COM7 или COM9 - виртуальные COM-порты, в которые "превращается" USB. Их дает именно тот Arduino-загрузчик, что уже прошит в МК. Если чип стереть дочиста, то avrdude уже не сможет его прошить, т.к. виртуальный COM-порт исчезнет.
А пользоваться АСтудией напрямую для прошивки боюсь, т.к. она в каких-то случаях переписывает загрузчик на свой, чего я сильно не хочу.