Средства и методы разработки

Вот интересно, а тебе норм что ответы идут только на одно твое утверждение из десятка? 

Конечно security-by-obscurity принцип, мягко говоря, так себе,

но выкладывать в открытый доступ протоколы связи

отдельных элементов СКУД - вообще пиздец.

Первое что приходит на ум - "подбиралка паролей на батарейке",

представляешь себе насколько нужно усложнить работу со считывателем

чтобы защитить от man-in-the-middle всю цепочку.

Это удорожание. Раза в два, не меньше. Этого не делает никто, и делать не будет никогда.