Как вариант -- сделать т.н. serial port multiplexer (TS 101 369, Digital cellular telecommunications system (Phase 2+), Terminal Equipment to Mobile Station (TE-MS) multiplexer protocol). И, соответственно, в один виртуальный порт телеметрию, в другой команды и т.п. Драйвера под виндовс вроде как есть, что облегчает.