Средства и методы разработки

Процессор лучше от Intel - с ним меньше неожиданностей. А кроме того, Matlab последних выпусков для ускорения расчетов использует SIMD-инструкции, которые у Intel работают быстрее, чем у AMD. Выбор видеокарты существенной не считаю, т.к. крутые http://caxapa.ru/760520.html
карты нужны лишь в видеоиграх, где изображение предельно динамично, а промедление с прорисовкой раздражает пользователя. Тогда как у вас, по всей видимости, изображение практически статично/неподвижно. А вот на память, которую вы не упомянули, следует обратить максимальное внимание, т.к. ее недостаток может сказаться не на скорости работы, а в полном отказе делать расчеты, когда объект превышает некий уровень сложности. Например, на Электронике когда-то всем гуртом выбирали компьютер для работ с FPGA (кажется, от Altera), когда для работоспособности пакета требуется не менее 64 ГБ оперативной памяти. И это, помнится, вызвало большую проблему, т.к. на обычной материнской плате для памяти всего 4 слота, а модули по 16 ГБ очень дороги. Кажется, тогда автору темы пришлось выбрать серверную палату с Xeon'ом, где слотов для памяти больше. Вот и здесь, на Сахаре, многие выбирают себе для работы северные решения на Xеon'ах, благо, что их предыдущие поколения нынче сильно подешевели (см. ссылку). Поэтому мой совет такой: разберитесь, прежде всего, с объемом необходимой памяти, сколько ее нужно для ваших пакетов. А после этого решайте, Core-i7 вам покупать или Xeon. После этого подбирайте память под скорость шины выбранного вами процессора. Это очень важный момент, т.к. цена за память очень сильно зависит от ее скорости, а потому нужно точное совпадение, чтобы не платить лишку.