WinCE - цугундер, хорошо, что сама MS это поняла и закопала труп. Linux в таракане - это не только медленная и геморройная загрузка, а еще и полноценная (не это ваше лютейшее дерьмо lwIP) поддержка сети, хранилища сертификатов, файловых систем и прочего.
Полноценная реализация всего этого на МК уже стоит дороже, чем тупо запустить линь.