Только если вручную, через crossgen, как я понял можно потенциально в момент установки приложения скомпилировать dll-ки. Но и даже при этом они компилируются не полностью: некоторые типы (параметризация шаблонов/generics) становятся известны только в рантайме, со всеми вытекающими...