Средства и методы разработки

"ради чего и убирали зануление" -- а кто мешал на той точке, в которую передаётся управление из кода, лежавшего в .bss поместить сначала мааленкий циклик обнуления .bss ? Причём указатель и длину на регистры бросить можно ещё в "bss-коде", потом переход на остальной код, в начале которого занулялка из пары-тройки команд. Да, они останутся и будут висеть балластом, но это уже брызги, а .bss будет обнулена, как это и положено. Думаю, для gcc правкой запускалки и линкерного скрипта можно такое слепить. Только "инициализационный" код должен обходиться автоматическими переменными и не трогать переменные в bss :-)