Попробуйте у выделенного и неподсвеченного элемента ещё раз снять подстветку и снова подсветить его. Написанное звучит бредово, но и под ХР бывали подобные проблемы с подсветом. Описанная процедура помогала.
И если не изменяет память то желателен порядок запуска редакторов:
- сначала редактор схем и нужная схема;
- затем pcb-редактор и плата связанная со схемой в sch-редакторе;
- не желательно параллельно запускать/закрывать sch/pcb-редакторы с другими схемами/платами.